Les tests de microbiote intestinal à domicile promettent une image des bactéries de votre intestin, un « score de santé intestinale » et une alimentation personnalisée. En février 2026, des scientifiques de l'institut américain de métrologie (NIST), l'agence qui fixe les étalons de mesure aux États-Unis, ont vérifié si ces rapports sont fiables. Leur réponse, publiée dans Communications Biology : pas encore.
Comment l'étude a été menée
L'équipe a préparé un échantillon de selles humaines mélangé, pour que chaque portion soit identique. Elle a commandé trois kits auprès de sept services vendus directement au public, soit 21 tests, a rempli chaque kit avec le même matériel et les a envoyés comme n'importe quel client. La biologie étant la même partout, toute différence entre les rapports ne pouvait venir que des méthodes des entreprises.
Ce qu'ils ont trouvé
- Des listes de bactéries très différentes. Les rapports citaient au total 1 208 groupes de bactéries différents, mais seulement 3 genres apparaissaient dans tous les résultats. La profondeur de séquençage allait de moins de 20 000 à plus de 10 millions de lectures, et le nombre d'espèces rapportées de moins de 100 à plus de 1 700.
- Des écarts aussi grands qu'entre deux personnes. Pour 17 des 18 genres les plus courants, la variation due à la méthode de test était au moins aussi grande que la variation naturelle entre des personnes différentes.
- Désaccord sur un pathogène. Trois services ont signalé Clostridioides difficile dans l'échantillon, quatre non.
- « Sain » et « pas sain » pour les mêmes selles. Un service a classé deux de ses trois kits identiques « sains » et le troisième « pas sain », avec des conseils alimentaires différents. Un kit dont plus de la moitié des lectures n'étaient pas identifiées a quand même donné un rapport complet.
- Pas de définition commune du « sain ». Les genres souvent mis en avant dans ces rapports, comme Bacteroides, Bifidobacterium, Faecalibacterium et Roseburia, variaient fortement, et chaque entreprise les comparait à ses propres valeurs de référence.
Pourquoi les résultats divergent
Chaque étape change d'une entreprise à l'autre : le prélèvement (une portion de selles ou un écouvillon passé sur du papier toilette), la stabilisation ou non pour le transport, l'extraction de l'ADN, la méthode de séquençage (gène 16S ou métagénome complet), sa profondeur, et les logiciels et bases de données qui nomment les bactéries. Et il n'existe pas de définition partagée d'un microbiote en bonne santé. Les auteurs demandent des matériaux de référence et des normes, comme pour les analyses de biologie médicale.
Ce que cela change pour vous
- Si vous avez déjà un rapport, lisez-le comme un aperçu approximatif obtenu avec la méthode d'une entreprise, pas comme une mesure. Ne supprimez pas d'aliments et n'achetez pas de compléments sur la foi d'un seul score.
- Si vous envisagez d'en acheter un, sachez qu'une autre entreprise pourrait vous dire autre chose sur les mêmes selles.
- Des troubles digestifs qui durent justifient une consultation médicale ; le médecin peut prescrire des examens validés si besoin.
Ce que votre ADN peut apporter, et ce qu'il ne peut pas
Un test ADN lit vos propres gènes, pas vos bactéries : il ne remplace donc pas un test de microbiote. Mais vos gènes ne changent pas d'un kit à l'autre, et quelques-uns façonnent l'environnement où vivent vos bactéries : votre statut sécréteur (FUT2), la persistance de la lactase et la DAO. De grandes études ont relié la lactase et FUT2 à des bactéries intestinales comme Bifidobacterium. Notre guide sur la génétique du microbiote explique ce qu'ils signifient, et le test gratuit les lit dans le fichier ADN brut que vous avez déjà.
Source : National Institute of Standards and Technology, Communications Biology, février 2026. Les sept entreprises ne sont pas nommées dans l'étude.