Quel est le poids de vos gènes sur votre microbiote ?
Moins qu'on ne le croit. Dans une étude sur 1 046 personnes publiée dans Nature en 2018, les chercheurs n'ont trouvé aucun lien significatif entre l'ascendance génétique et la composition du microbiote intestinal, alors que l'alimentation, les médicaments et les mesures corporelles étaient associés à plus de 20 % des différences entre personnes. Les personnes vivant sous le même toit se ressemblaient, même sans lien de parenté.
Cela ne veut pas dire que les gènes ne jouent aucun rôle. Quand on étudie de très grands groupes gène par gène, quelques signaux nets apparaissent. La plus grande analyse à ce jour, le consortium MiBioGen (18 340 personnes dans 24 cohortes, Nature Genetics 2021), a trouvé 31 régions génétiques liées aux bactéries intestinales, et une seule a passé son seuil le plus strict : le gène de la lactase. Une étude allemande sur 8 956 personnes publiée la même année a confirmé ce signal et en a ajouté deux : FUT2, qui fixe votre statut sécréteur, et le gène du groupe sanguin ABO.
Les trois gènes à l'effet le plus net
| Gène | Ce qu'il fait | Lien avec les bactéries intestinales | Fréquence |
|---|---|---|---|
| MCM6 / LCT (lactase) | Décide si vous continuez à digérer le sucre du lait après l'enfance | Les personnes qui cessent de produire de la lactase ont davantage de Bifidobacterium, surtout si elles mangent encore des produits laitiers : le lactose non digéré les nourrit | La plupart des adultes dans le monde cessent d'en produire ; la plupart des Européens du Nord la gardent |
| FUT2 (statut sécréteur) | Dépose des sucres riches en fucose sur la paroi intestinale et dans les liquides du corps | Les non-sécréteurs ont un autre mélange de bactéries, souvent avec moins de bifidobactéries | Environ 1 personne sur 5 d'ascendance européenne est non sécrétrice |
| DAO (AOC1) | Dégrade l'histamine des aliments, dans l'intestin | Ne change pas vos bactéries, mais votre réaction à l'histamine des aliments fermentés et de certaines bactéries | Les variants plus lents sont courants ; ce sont les symptômes qui disent s'ils comptent |
Lactase : le lien le plus fort
La persistance de la lactase se lit surtout sur un variant, rs4988235 (appelé aussi −13910 C/T). Une ou deux copies de la version « persistante » signifient en général que vous digérez le sucre du lait à l'âge adulte. Sans aucune, la production de lactase baisse le plus souvent après l'enfance. Le sucre du lait non digéré arrive alors dans le côlon, où les bifidobactéries le fermentent. C'est pourquoi le lien entre le gène de la lactase et Bifidobacterium est le plus fort chez les personnes qui mangent encore un peu de produits laitiers. Ce variant est le variant européen : dans certaines régions d'Afrique et du Moyen-Orient, d'autres variants jouent le même rôle, un résultat « non persistant » est donc moins sûr pour les personnes de ces origines.
FUT2 : ce que votre paroi intestinale offre
FUT2 ajoute du fucose, un sucre, au mucus qui tapisse votre intestin. Beaucoup de bactéries s'en servent comme nourriture ou comme point d'accroche. Environ 1 personne sur 5 d'ascendance européenne porte deux copies inactives (rs601338 AA) : ce sont les « non-sécréteurs ». Plusieurs études ont trouvé chez eux un profil de bactéries intestinales différent, avec moins de bifidobactéries dans certaines d'entre elles. Les non-sécréteurs ont aussi en moyenne une vitamine B12 sanguine plus élevée (Nature Genetics, 2008), et ils attrapent beaucoup moins les souches de norovirus les plus courantes, qui ont besoin de ces sucres pour s'accrocher.
DAO : l'histamine, pas les bactéries
Les aliments fermentés et certaines bactéries intestinales produisent de l'histamine, et la DAO est l'enzyme qui la dégrade dans l'intestin. Des variants plus lents peuvent rendre les fromages affinés, le vin, la charcuterie et les aliments longuement fermentés moins bien tolérés chez certaines personnes. Cela ne change pas vos bactéries, mais cela change quels aliments fermentés « bons pour l'intestin » vous conviennent.
Groupe sanguin et statut sécréteur
L'étude allemande sur 8 956 personnes a montré que les personnes de groupe A, B ou AB qui sont aussi sécrétrices portaient plus souvent un groupe de Bacteroides que les personnes de groupe O ou non sécrétrices. Le groupe sanguin était aussi lié à Faecalibacterium. La raison est la même que pour FUT2 : les sucres du groupe sanguin ne sont présents sur la paroi intestinale que chez les sécréteurs, et des bactéries peuvent s'en nourrir.
Cela n'a rien à voir avec le « régime selon le groupe sanguin ». Une étude canadienne sur 1 455 personnes (2014) a montré que les bénéfices de ces régimes n'avaient aucun rapport avec le groupe sanguin. Nous ne lisons pas votre groupe sanguin dans votre fichier ADN : les puces grand public ne distinguent pas de façon fiable le groupe A du groupe B, et la plupart des gens connaissent déjà le leur.
Et les tests de microbiote par les selles ?
Les tests de selles cherchent à lister les bactéries de votre intestin, ce que l'ADN ne peut pas faire. L'idée est bonne, mais en février 2026 une équipe de l'institut américain de métrologie (NIST) a envoyé des portions identiques d'un même échantillon de selles à sept services grand public, trois kits chacun, et a publié les résultats dans Communications Biology :
- Sur l'ensemble des rapports, 1 208 groupes de bactéries différents étaient cités, mais seulement 3 genres apparaissaient dans tous les résultats.
- Trois services ont signalé Clostridioides difficile, quatre non.
- Un service a classé le même échantillon deux fois « sain » et une fois « pas sain », avec des conseils alimentaires différents.
- Pour la plupart des genres courants, les écarts entre services étaient aussi grands que les différences naturelles entre deux personnes.
Les auteurs déconseillent pour l'instant de fonder des décisions d'alimentation ou de santé sur ces rapports. Nous détaillons l'étude dans notre article sur la fiabilité des tests de microbiote.
Manger selon votre profil intestinal
Quels que soient vos gènes, le conseil le mieux étayé est le même : manger beaucoup de plantes différentes. Dans l'American Gut Project, les personnes qui mangeaient plus de 30 plantes différentes par semaine avaient des bactéries intestinales plus variées que celles qui en mangeaient moins de 10. Vos gènes peuvent ensuite affiner quelques choix :
| Si votre résultat est | Bon à savoir | Idées d'aliments |
|---|---|---|
| Non-sécréteur (FUT2) | Votre paroi intestinale offre moins de fucose aux bifidobactéries | Nourrissez-les avec les fibres qu'elles fermentent : avoine, légumineuses, oignons, poireaux, ail, asperges, chicorée, bananes encore un peu vertes |
| Sécréteur (FUT2) | Votre paroi intestinale nourrit déjà les bactéries amatrices de fucose | La variété des fibres fait le reste |
| Lactase non persistante | Le lactose non digéré nourrit les bifidobactéries | Si vous le tolérez, de petites portions de yaourt, kéfir ou fromage affiné plutôt que zéro produit laitier |
| DAO plus lente | Les aliments fermentés apportent aussi de l'histamine | Des fermentés frais en petites portions ; modération sur fromages affinés, vin, charcuterie et choucroute longuement fermentée |
Rien de tout cela ne remplace un avis médical. Des troubles digestifs qui durent justifient une consultation, pas un test génétique.
Comment connaître votre profil
Si vous avez déjà fait un test chez 23andMe, AncestryDNA, MyHeritage, FamilyTreeDNA ou Living DNA, votre fichier de données brutes contient ces marqueurs (comment le télécharger). Notre test gratuit lit votre statut sécréteur, votre lactase et votre DAO dans votre navigateur, sans envoyer le fichier nulle part. Les fichiers MyHeritage n'ont pas le principal marqueur de FUT2 (rs601338) : nous lisons donc rs492602, qui se transmet avec lui. Sur les vrais fichiers que nous avons vérifiés, les deux ont donné la même réponse à chaque fois (49 sur 49).
Le rapport Ultimate contient une section Intestin & Microbiome avec ces résultats, ce qu'ils signifient pour vos bactéries intestinales et des idées d'aliments pour votre profil, en plus du rapport nutrition complet et des gènes des médicaments.