Les tests de microbiote intestinal promettent une image de vos bactéries, un score de santé et une alimentation personnalisée. Ils coûtent d'environ 100 à 500 dollars et ne mesurent pas tous la même chose. En 2026, une étude de l'institut américain de métrologie (NIST) a aussi montré qu'ils peuvent se contredire sur le même échantillon de selles. Voici comment choisir, si vous décidez de faire un test.
Trois méthodes différentes
| Méthode | Ce qu'elle lit | Ce qu'elle peut vous dire | Exemples |
|---|---|---|---|
| Séquençage de l'ARNr 16S | Un gène marqueur commun à toutes les bactéries | Quels groupes de bactéries sont présents, surtout au niveau du genre. Le moins cher. | Ombre (ex-Thryve), Biomesight |
| Métagénomique « shotgun » | Tout l'ADN de l'échantillon | Les bactéries jusqu'à l'espèce ou la souche, et leurs gènes. Plus de détail, prix plus élevé. | Tiny Health (bébés, enfants et grossesse) |
| Métatranscriptomique | L'ARN de l'échantillon | Quels gènes microbiens sont actifs au moment du prélèvement. | Viome |
ZOE suit un autre modèle : le test fait partie d'un programme de nutrition et d'une application, et son offre a été réorganisée en 2025. Vérifiez ses conditions et les pays desservis avant d'acheter. Les prix et les offres changent souvent chez toutes ces entreprises : vérifiez toujours sur leur propre site.
Ce que l'étude du NIST change pour vous
Le NIST a envoyé des portions identiques d'un même échantillon de selles à sept services grand public, trois kits chacun. Seulement 3 genres apparaissaient dans tous les résultats, trois services ont signalé Clostridioides difficile et quatre non, et un service a classé le même échantillon deux fois « sain » et une fois « pas sain ». Pour la plupart des genres courants, les écarts entre services étaient aussi grands que les différences naturelles entre deux personnes. Les entreprises n'étaient pas nommées : l'étude ne dit pas lesquelles des marques ci-dessus, s'il y en avait, y ont participé. Nous la détaillons dans notre article sur la fiabilité des tests de microbiote.
Conséquences pratiques : ne comparez des résultats qu'au sein d'une même entreprise et d'une même méthode dans le temps, jamais entre deux entreprises ; et ne prenez pas de grande décision d'alimentation ou de compléments sur un seul score.
Cinq questions à poser avant d'acheter
- Quelle méthode ? 16S, shotgun ou ARN, comme ci-dessus. Plus de détail ne veut pas dire plus de fiabilité.
- Est-ce que je récupère mes données brutes ? Un fichier de données téléchargeable permet de demander un deuxième avis ou de refaire l'analyse plus tard. Biomesight, par exemple, indique fournir des téléchargements FASTQ et CSV ; beaucoup de services ne donnent qu'un rapport web. Demandez avant de payer.
- Qu'est-ce qui compte comme « sain » ? Il n'existe pas de définition partagée d'un microbiote en bonne santé. Chaque entreprise utilise sa propre population de référence et ses propres normes.
- Les recommandations sont-elles liées à des produits vendus par l'entreprise ? Les abonnements à des compléments ou à des probiotiques font souvent partie du modèle économique.
- Puis-je refaire le test avec la même méthode ? Ce qu'un test de microbiote montre le plus utilement, c'est l'évolution de votre propre résultat dans le temps, mesuré de la même façon.
Avez-vous vraiment besoin d'un test de microbiote ?
Pour la plupart des gens, non. Les changements alimentaires les mieux étayés fonctionnent sans test : manger beaucoup de plantes différentes (dans l'American Gut Project, les personnes qui mangeaient plus de 30 plantes différentes par semaine avaient des bactéries intestinales plus variées que celles qui en mangeaient moins de 10), beaucoup de fibres, et quelques aliments fermentés si vous les tolérez. Des troubles digestifs qui durent justifient une consultation médicale ; le médecin peut prescrire des examens validés si besoin.
Ce que vous pouvez apprendre gratuitement avant de dépenser quoi que ce soit
Si vous avez déjà fait un test ADN (23andMe, AncestryDNA, MyHeritage, FamilyTreeDNA ou Living DNA), votre fichier brut contient trois réponses liées à l'intestin qui ne changent pas d'un kit à l'autre : votre statut sécréteur (FUT2), le fait que vous digériez ou non le lactose (lactase), et l'élimination de l'histamine dans l'intestin (DAO). Notre test gratuit du statut sécréteur les lit dans votre navigateur. Il ne liste pas vos bactéries, mais il dit quelque chose de stable sur l'environnement où elles vivent. Voir ce que votre ADN peut et ne peut pas dire de votre microbiote.
Fuel Your DNA ne vend pas de tests de microbiote et n'a aucun lien d'affiliation avec les entreprises citées. Sources : NIST, Communications Biology, février 2026 ; sites des entreprises ; McDonald et al., mSystems 2018 (American Gut Project).